多數新生兒肺炎不會遺留后遺癥，但重癥或治療不及時可能影響肺功能發育。后遺癥風險主要與感染程度、并發癥、治療時機、早產因素及基礎疾病有關。
1、感染程度：
輕癥肺炎通常由呼吸道合胞病毒等常見病原體引起，規范治療后肺組織可完全修復。重癥肺炎如金黃色葡萄球菌感染可能導致肺實質損傷，增加支氣管肺發育不良風險。
2、并發癥：
合并膿胸、敗血癥時可能引發全身炎癥反應，造成多器官損傷。約5%-10%的重癥患兒可能出現肺不張或局限性纖維化，表現為運動后氣促等長期癥狀。
3、治療時機：
發病72小時內接受有效抗生素治療者預后良好。延遲治療可能導致感染擴散，增加肺組織瘢痕形成的概率，尤其對胎齡小于34周的早產兒影響更顯著。
4、早產因素：
早產兒肺泡發育不完善，肺炎易加重原有支氣管肺發育不良。極低出生體重兒合并肺炎后，需警惕喘息綜合征等遠期呼吸系統問題。
5、基礎疾病：
先天性心臟病、免疫缺陷患兒肺部感染更易遷延不愈，可能遺留限制性通氣功能障礙。這類患兒需定期進行肺功能評估直至學齡期。
出院后應保持室內空氣流通，避免接觸煙霧等刺激物；母乳喂養可提供免疫保護；按醫囑完成復查，監測呼吸頻率與血氧飽和度；接種肺炎球菌疫苗與流感疫苗；若出現反復喘息、生長遲緩需及時就診。早產兒建議每3個月評估一次肺功能，直至2周歲。
