藿香正氣膠囊的使用需注意避免辛辣刺激飲食、忌與滋補性中藥同服、過敏體質慎用、特殊人群遵醫囑、出現不良反應及時停藥。
服用藿香正氣膠囊期間需避免辛辣、油膩及生冷食物。辣椒、花椒等刺激性食材可能加重胃腸負擔，影響藥物吸收；肥肉、油炸食品易助濕生熱，與藥物解表化濕的功效相沖突；冰淇淋、冷飲等低溫食物可能引發胃腸痙攣，降低藥效。建議搭配清淡易消化的粥類、面條等食物。
該藥物不宜與滋補類中藥如人參、阿膠同時服用。藿香正氣膠囊具有發散表邪的作用，而補益類藥物側重固本培元，兩者功效相?？赡艿窒幮АＰ枧c西藥解熱鎮痛藥間隔2小時服用，避免成分重疊增加肝腎代謝負擔。長期服用降壓藥或降糖藥者需咨詢醫師調整劑量。
對蒼術、陳皮等成分過敏者應禁用。過敏體質人群首次服用時建議減半劑量測試，觀察是否出現皮膚瘙癢、紅斑或呼吸困難等反應。藥物含乙醇提取物，酒精過敏者可能出現面部潮紅、心悸等雙硫侖樣反應，嚴重過敏需立即就醫進行抗組胺治療。
孕婦及哺乳期婦女使用需嚴格遵循醫囑，藥物中的厚樸酚可能刺激子宮收縮。兒童需根據體重調整劑量，通常建議6歲以上使用。肝功能異常者慎用，乙醇成分可能加重肝臟代謝負擔。駕駛員慎用，個別患者服藥后可能出現嗜睡等中樞抑制癥狀。
常見不良反應包括輕度口干、頭暈、胃腸不適等，通常停藥后可自行緩解。如出現皮疹加重、嘔吐腹瀉或心悸胸悶等嚴重癥狀，應立即停藥并就醫處理。連續服用超過3天癥狀未改善，需排除急性胃腸炎、中暑等其他疾病可能。
日常服用可配合綠豆湯、薏米水等利濕飲品增強療效，避免劇烈運動后立即用藥。儲存時需密封避光，置于兒童無法觸及處。服藥期間出現發熱超過38.5℃或持續腹痛，應及時就醫排查感染性疾病。慢性病患者建議監測血壓、血糖變化，必要時在醫生指導下聯合用藥。
