小兒化食丸需避免與含鞣質類、堿性藥物、抗菌藥物、消化酶制劑及含金屬離子藥物聯用，具體禁忌包括五類常見藥物。
小兒化食丸中多含山楂、神曲等酸性成分，與鞣質類藥物如鞣酸蛋白、五倍子同服時，可能形成不溶性沉淀物。這類復合物會降低藥物吸收率，影響化食丸促消化功效，同時可能刺激胃腸黏膜。服藥間隔需保持2小時以上。
鋁碳酸鎂、氫氧化鋁等抗酸藥會中和化食丸中的有機酸成分。酸堿反應導致雙方藥效減弱，尤其影響化食丸激活胃蛋白酶原的作用。建議錯開服用時間，胃藥應在餐后1小時服用，化食丸宜餐前服用。
諾氟沙星、四環素類抗生素與化食丸中金屬離子結合后，可能形成螯合物降低抗菌活性。紅霉素在酸性環境中易分解失效，與化食丸聯用會縮短其抗菌作用時間。需間隔3小時以上分服。
胰酶制劑、乳酶生等與化食丸同服時，酸性環境可能破壞酶活性。胃蛋白酶在過強酸度下易變性失活，兩者聯用反而減弱消化功能。建議單用化食丸或改用中性促消化藥。
硫酸亞鐵、葡萄糖酸鈣等藥物中的金屬離子，會與化食丸中有機酸發生置換反應，既影響礦物質吸收，又可能生成刺激性物質。補鐵補鈣藥物應與化食丸間隔4小時服用。
服用小兒化食丸期間需注意飲食搭配，避免同時攝入過多酸性水果或碳酸飲料。適當配合腹部按摩可增強藥效，順時針揉腹每次5分鐘，每日2-3次。若需長期聯合用藥，建議咨詢醫師調整方案，必要時監測胃腸功能。兒童服藥后出現腹脹加重或腹瀉，應立即停用并就醫。
