肛瘺的治療需結合病情嚴重程度選擇藥物，通常需在醫生指導下使用抗生素、止痛藥和促進愈合的藥物。
1. 抗生素類藥物：
肛瘺常伴隨感染，需使用抗生素控制炎癥。常用藥物包括頭孢類抗生素如頭孢克肟、大環內酯類抗生素如阿奇霉素，以及硝基咪唑類抗生素如甲硝唑。這些藥物能有效抑制細菌繁殖，減輕局部紅腫熱痛癥狀。使用抗生素需注意可能出現胃腸道反應，長期使用需警惕菌群失調。
2. 止痛消炎藥物：
非甾體抗炎藥如布洛芬、對乙酰氨基酚可緩解疼痛和消炎。局部可使用含有利多卡因的乳膏減輕肛周不適。疼痛劇烈時可考慮弱阿片類藥物如曲馬多，但需嚴格遵醫囑使用，避免成癮性。使用止痛藥期間應觀察排便情況，防止掩蓋病情變化。
3. 促進創面愈合藥物：
肛瘺術后或慢性創面可使用促進肉芽組織生長的藥物，如重組人表皮生長因子凝膠、痔瘡栓等。中藥制劑如馬應龍痔瘡膏也有消炎生肌作用。使用這類藥物需保持創面清潔，配合坐浴治療。創面較大時可考慮使用藻酸鹽敷料促進愈合。
肛瘺患者日常應注意保持肛周清潔，每日可用溫水坐浴2-3次，每次15分鐘。飲食宜清淡富含纖維素，推薦食用燕麥、紅薯、香蕉等食物，避免辛辣刺激。適度進行提肛運動增強盆底肌力。術后恢復期應避免久坐久站，穿著寬松棉質內褲。若出現發熱、持續疼痛或分泌物增多等情況應及時復診。藥物治療期間需定期復查，評估是否需要調整方案或考慮手術治療。
