男性查衣原體可能因無癥狀攜帶導致過度治療、增加抗生素耐藥風險、引發不必要心理負擔、檢測假陽性干擾臨床判斷、醫療資源浪費等問題。
約50%男性衣原體感染無典型癥狀，尿道分泌物或排尿疼痛等癥狀缺如。病原體可能自然清除，檢測陽性后常規使用阿奇霉素、多西環素等抗生素治療，反而破壞泌尿生殖道正常菌群平衡。
全球衣原體對大環內酯類抗生素耐藥率逐年上升。無癥狀者接受抗生素治療會加速耐藥菌株產生，影響后續真實感染的治療效果。臨床已觀察到阿奇霉素治療失敗病例增加現象。
檢測陽性結果可能引發焦慮和關系信任危機，尤其對于無高危性行為史的男性。部分人群會產生病恥感，過度關注生殖健康狀態，甚至發展為疑病癥傾向。
核酸擴增檢測可能出現交叉反應，與其他微生物基因片段發生非特異性結合。無癥狀者復查轉陰率較高，但首次陽性結果可能導致不必要的伴侶追蹤治療。
醫療資源應優先分配給有癥狀患者和高危人群。大規模篩查無癥狀男性會擠占實驗室檢測能力，增加公共衛生成本，不符合成本效益原則。
保持適度運動如游泳或快走可增強泌尿系統免疫力，飲食中增加酸奶、納豆等含益生菌食物有助于維持菌群平衡。日常注意個人衛生，避免共用毛巾等貼身物品，有明確暴露史或伴侶確診時再考慮針對性檢測。
