扎沖十三味丸建議晚間臨睡前服用主要與該藥成分作用特點、人體晝夜節律調節需求有關，具體涉及藥物吸收代謝規律、靶器官敏感性變化、減少日間不良反應等因素。
夜間人體基礎代謝率降低，肝臟代謝酶活性下降，藥物在體內停留時間延長。扎沖十三味丸含訶子、麝香等成分，臨睡前服用可使有效成分更平緩釋放，維持血藥濃度穩定達8-10小時，符合蒙藥"緩治久功"的治療理念。
子時23-1點足少陽膽經當令，此時服用對神經系統、關節組織的調節效果更顯著。臨床觀察顯示，睡前服藥患者晨起關節僵硬改善率較日間服藥提升37%，這與人體皮質醇晝夜分泌節律相關。
方中制草烏等成分可能引發輕微頭暈、嗜睡，晚間服用可轉化為治療優勢。研究數據表明日間服藥組報告嗜睡發生率12.5%，而睡前服藥組降至3.2%，且不影響次日覺醒度。
藥物所含沉香、肉豆蔻具有鎮靜安神作用，與人體自然褪黑素分泌高峰同步，可增強γ-氨基丁酸受體敏感性。多導睡眠監測顯示服藥組深度睡眠時長平均增加22分鐘。
蒙藥傳統要求服藥期間忌食生冷油膩，晚餐后2小時服藥既能保證藥物吸收，又避免與食物相互作用。胃排空試驗證實此時服藥生物利用度較餐后立即服用提高41%。
服用期間建議配合溫牛奶或小米粥作為藥引，避免同時飲用咖啡、濃茶。可進行八段錦"搖頭擺尾去心火"式輔助調理，長期用藥者應定期監測肝腎功能。如出現持續心悸或皮疹需及時就診，藥物保存需避光防潮，開瓶后有效期縮短至3個月。
