螺旋藻雖營養豐富，但過敏體質者、痛風或高尿酸血癥患者、自身免疫性疾病患者不宜食用。螺旋藻可能誘發過敏反應、加重尿酸代謝負擔或刺激免疫系統異常活動。
螺旋藻含藻藍蛋白等致敏成分，過敏體質者食用后可能出現皮膚瘙癢、蕁麻疹或呼吸道水腫等反應。既往對海鮮或藻類過敏的人群風險更高，建議首次嘗試前進行小劑量測試，出現不適立即停用并就醫。
螺旋藻嘌呤含量較高，每100克約含150-200毫克嘌呤。痛風或高尿酸血癥患者攝入后可能升高血尿酸水平，誘發關節疼痛急性發作。合并腎功能不全者更需嚴格控制攝入，日常飲食建議選擇低嘌呤食物如雞蛋、蔬菜等。
螺旋藻中的多糖成分可能激活B淋巴細胞，加重類風濕關節炎、系統性紅斑狼瘡等疾病癥狀。使用免疫抑制劑治療的患者尤需謹慎，不當攝入可能干擾藥物療效或引發疾病活動度升高。
普通人群食用螺旋藻建議每日不超過10克，優先選擇正規廠家生產的滅菌產品。搭配維生素C豐富的果蔬可促進鐵吸收，但避免與抗凝藥物同服。長期服用者需定期監測肝腎功能，孕婦及兒童應在醫師指導下使用。日常保存需避光防潮，開封后盡快食用以防變質。
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