囊腫可通過阿莫西林、頭孢克肟、甲硝唑等藥物控制感染，通常由細菌感染、寄生蟲侵襲、內分泌紊亂、導管阻塞、遺傳因素等原因引起。
細菌感染引起的囊腫可選用抗生素。阿莫西林通過抑制細胞壁合成殺滅革蘭氏陽性菌；頭孢克肟對呼吸道和泌尿系統感染效果顯著；甲硝唑針對厭氧菌及寄生蟲感染。使用前需明確病原體類型，避免耐藥性產生。
肝包蟲囊腫等寄生蟲性囊腫需聯合用藥。阿苯達唑可阻斷蟲體葡萄糖攝取，吡喹酮能破壞寄生蟲表皮結構。治療期間需監測肝功能，療程通常持續3-6個月。
卵巢囊腫與內分泌失衡相關。口服避孕藥如炔雌醇環丙孕酮可抑制排卵，減少功能性囊腫形成；地塞米松適用于腎上腺囊腫的皮質醇抑制。需定期超聲復查評估療效。
可能與金黃色葡萄球菌、大腸桿菌等病原體有關，通常表現為局部紅腫、壓痛伴發熱。除抗生素外，可配合魚石脂軟膏外敷促進膿腫成熟引流。
多囊腎等遺傳性疾病可能與PKD1基因突變有關，常伴隨高血壓、腎功能下降。雷米普利可延緩腎功能惡化，托伐普坦能控制囊液分泌。晚期需考慮腎囊腫去頂減壓術。
日常飲食宜選擇低脂高纖維食物如燕麥、西蘭花，避免豆制品等植物雌激素攝入；適度進行快走、游泳等有氧運動促進代謝；囊腫直徑超過5cm或出現破裂征象需立即就醫。定期超聲監測囊腫變化，避免局部受壓或劇烈運動導致破裂。
