牛黃清心丸的最佳服用時間需結合癥狀特點和體質差異，空腹服用、飯后服用、睡前服用、急性癥狀時服用、慢性調理時服用。
胃腸功能良好者建議晨起空腹服用，此時胃酸分泌較少，藥物成分更易被吸收。適用于高血壓頭暈、肝火上炎等急癥發作前預防性使用，避免與牛奶或高蛋白食物同服影響藥效。
脾胃虛弱者宜餐后30分鐘服用，減少對胃腸黏膜刺激。針對心慌氣短、失眠多夢等慢性癥狀，食物可延緩藥物吸收速度，使藥效更持久穩定。
神經衰弱伴入睡困難者適合睡前1小時服用，利用方中朱砂、黃連的鎮靜安神作用。長期夜間盜汗或心悸人群可配合溫水送服，增強寧心安神效果。
突發心絞痛、中風先兆時立即舌下含服，藥物通過口腔黏膜快速吸收。該藥可能與人中黃、冰片等成分產生協同作用，但需警惕血壓驟降風險。
節氣交替或情志不暢期間規律服用，連續3-5天為宜。更年期潮熱、工作壓力大者可在辰時7-9點和酉時17-19點分兩次服用，順應臟腑氣血運行規律。
服用期間宜搭配蓮子百合粥、菊花枸杞茶等清心食療，避免辛辣燥熱食物。適度進行八段錦、太極拳等舒緩運動促進氣血調和，出現嗜睡、腹瀉等不良反應需停用并咨詢中醫師。孕婦、低血壓患者及肝腎功能不全者慎用，不可與洋地黃類、抗凝藥物同服。
