真菌感染需根據具體類型和嚴重程度選擇抗真菌藥物，常見藥物包括唑類、多烯類、丙烯胺類和棘白菌素類。
皮膚癬菌感染可選用克霉唑乳膏或聯苯芐唑溶液等外用唑類藥物，療程通常持續2-4周。甲真菌病需配合環吡酮胺甲涂劑，嚴重者聯合口服特比萘芬。念珠菌性口炎可使用制霉菌素混懸液含漱，外陰陰道念珠菌病優先選擇克霉唑陰道栓劑。
侵襲性曲霉病首選伏立康唑，隱球菌性腦膜炎需兩性霉素B聯合氟胞嘧啶。白色念珠菌血癥根據耐藥情況選用卡泊芬凈或米卡芬凈，組織胞漿菌病推薦伊曲康唑口服液。治療期間需監測肝腎功能及血藥濃度，深部感染療程常需數月。
真菌感染患者應保持患處清潔干燥，穿透氣棉質衣物。飲食需限制高糖食品攝入，適當補充維生素B族和優質蛋白質。避免與他人共用毛巾拖鞋等個人物品，足癬患者沐浴后需徹底擦干趾縫。治療期間禁止飲酒，用藥后若出現皮膚灼痛或肝功能異常需及時復診。合并糖尿病者需嚴格控制血糖，免疫力低下人群應定期進行真菌篩查。
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