傳染性軟疣可能復發，復發與免疫力低下、病毒殘留、皮膚屏障受損、接觸傳染源、治療不徹底等因素有關。

1、免疫力影響：

免疫功能低下是復發的主要誘因。HIV感染者、長期使用免疫抑制劑者或慢性病患者，因免疫系統無法有效清除病毒，軟疣消退后易在原位或周邊區域復發。保持規律作息、均衡營養可增強免疫力。

2、病毒清除不全：

治療時若未完全破壞疣體內的病毒顆粒，殘留病毒可導致復發。冷凍治療需確保每個皮損徹底結痂，鉗夾法需完整擠出乳酪樣疣體。治療后2周復查可發現早期復發跡象。

3、皮膚防護缺失：

皮膚破損處更易受病毒侵襲。反復摩擦、濕疹或特應性皮炎患者因皮膚屏障功能受損，病毒易定植復發。使用含神經酰胺的潤膚霜修復屏障，避免搔抓可降低風險。

4、再感染風險：

接觸感染者衣物、毛巾或泳池等潮濕環境可能導致再感染。病毒在潮濕物體表面可存活數小時，家庭成員共用剃須刀或搓澡巾會交叉傳染。煮沸消毒貼身衣物可阻斷傳播鏈。

5、治療方式差異：

非根治性治療復發率較高。單純外用咪喹莫特乳膏的復發率約20%，而聯合冷凍治療可降至5%。激光汽化能徹底清除病毒，但需由專業醫師操作避免瘢痕形成。

預防復發需綜合干預：日常穿著純棉透氣衣物減少摩擦，游泳后及時沖洗并使用含氯己定的沐浴露；飲食中增加富含維生素A的胡蘿卜、動物肝臟及富含鋅的牡蠣；每周3次30分鐘有氧運動如快走、游泳可提升免疫功能；復發時盡早就醫進行聯合治療，避免自行摳抓導致擴散。