黃連羊肝丸需避免與寒涼藥物、含相同成分的中成藥、部分西藥、滋補類中藥及瀉下類藥物合用。
1、寒涼藥物：
黃連羊肝丸本身性味苦寒，與連翹、板藍根等寒涼藥物同服可能加重脾胃虛寒癥狀，出現腹痛腹瀉。體質虛寒者更需謹慎，兩類藥物間隔4小時以上服用可降低風險。
2、同效中成藥：
含有黃連、龍膽草等相同成分的龍膽瀉肝丸、當歸龍薈丸與本品聯用會導致成分超量。肝功能異常者可能出現轉氨酶升高，建議單一用藥或遵醫囑調整配伍。
3、特定西藥：
與華法林、阿司匹林等抗凝藥合用可能延長凝血時間，與地高辛聯用易引發心律失常。服用降糖藥期間使用需監測血糖波動，西藥間隔2小時服用相對安全。
4、滋補類中藥：
人參、鹿茸等溫補藥物會抵消黃連羊肝丸清熱功效，阿膠熟地黃等滋膩藥材可能影響消化吸收。需要補益時建議先完成清熱療程再調整方案。
5、瀉下類藥物：
大黃、番瀉葉等峻下攻伐藥與本品同服易導致電解質紊亂，脾虛患者可能出現嚴重腹瀉。必須聯用時需配伍白術、茯苓等健脾藥物中和藥性。
日常服用黃連羊肝丸期間宜搭配粳米粥、山藥等健脾食物，避免辛辣刺激飲食。出現胃部不適可按摩足三里穴，服藥后適當散步促進運化。長期服用需定期檢查肝腎功能，高血壓患者注意監測血壓變化。運動建議選擇八段錦、太極拳等舒緩項目，避免劇烈運動加重虛寒體質。
