慢性結腸炎包括一大類疾病，根據疾病的不同，治療也是不同的。如果是腸功能紊亂，也就是腸易激綜合征的患者，主要表現為腹痛，伴有大便習慣的改變，部分患者可以表現為腹痛、腹瀉，主要是對癥治療。腹痛時可以用解痙藥，比如匹維溴銨。腹瀉嚴重時，可以給輕度的止瀉藥，如蒙脫石散，加用腸道的微生態制劑也是有助于疾病緩解的。
除了功能性的疾病，器質性的疾病如潰瘍性結腸炎，治療就完全不同了。潰瘍性結腸炎的治療包括急性期的誘導緩解，以及緩解期的維持治療。急性期的誘導緩解可以用美沙拉嗪、糖皮質激素，甚至是生物制劑來誘導緩解。維持期用的是美沙拉嗪，重癥的患者甚至需要生物制劑來維持治療。潰瘍性結腸炎的治療就是長期的治療，初發病例需要3-5年，反復發作的病例需要終身治療。
