痰咳凈滴丸不可與中樞性鎮咳藥、抗膽堿能藥物、單胺氧化酶抑制劑、強效利尿劑及含酒精制劑合用。藥物相互作用可能導致不良反應加重或療效降低。
痰咳凈滴丸含桔梗、遠志等祛痰成分，與右美沙芬、可待因等中樞性鎮咳藥聯用會抑制咳嗽反射，導致痰液滯留。呼吸道分泌物無法有效排出可能誘發感染，慢性阻塞性肺疾病患者需特別注意。
阿托品、山莨菪堿等藥物會抑制腺體分泌，與痰咳凈滴丸的祛痰作用相拮抗。合用后可能減弱痰液稀釋效果，支氣管哮喘患者可能出現氣道黏液栓形成風險。
異煙肼、呋喃唑酮等藥物與痰咳凈滴丸中麻黃堿成分相互作用，可能引發血壓驟升。高血壓患者合用后易出現頭痛、心悸等交感神經興奮癥狀，嚴重時可誘發高血壓危象。
呋塞米、布美他尼等排鉀利尿劑與甘草浸膏配伍時，可能加劇低鉀血癥。電解質紊亂患者可能出現肌無力、心律失常，長期聯用需監測血鉀水平。
藿香正氣水、十滴水等含乙醇制劑會促進麻黃堿吸收，加速藥物代謝。合用后可能增強中樞興奮作用，出現失眠、震顫等不良反應，肝功能異常者應避免聯用。
服用痰咳凈滴丸期間需避免辛辣刺激性飲食，適量飲用溫開水促進痰液稀釋。建議保持每天30分鐘有氧運動如快走、游泳，增強呼吸道纖毛運動功能。慢性咳嗽患者可進行蒸汽吸入護理，使用生理鹽水霧化幫助排痰。用藥期間出現心慌、惡心等癥狀應立即停藥，并監測血壓、心率等生命體征。
