黃連上清丸不建議長期服用，短期使用需遵醫囑，過量可能引起腹瀉、腹痛等不良反應。
黃連上清丸含黃連、黃芩等苦寒藥材，具有清熱瀉火功效。短期用于實熱證候如牙齦腫痛、目赤耳鳴，長期服用易損傷脾胃陽氣，導致食欲減退、腹部冷痛等虛寒癥狀。
中成藥使用一般不超過2周，癥狀緩解即需停用。慢性疾病患者需間隔用藥，如連續服用3天后暫停2天，避免藥物蓄積。反復出現相同癥狀時應排查病因而非依賴藥物。
陽虛體質者服用可能加重畏寒肢冷，孕婦禁用。更年期潮熱等虛火癥狀不宜使用，糖尿病患者需注意輔料中的蜂蜜含量。服藥期間出現大便溏稀需立即停藥。
與降糖藥聯用可能增強 hypoglycemia 風險，與抗凝藥同服增加出血傾向。服用含鈣制劑可能降低藥效，需間隔2小時。長期使用可能影響腸道菌群平衡。
實火癥狀可選用菊花、金銀花代茶飲，虛火證候建議選用知柏地黃丸。口腔潰瘍可用康復新液含漱，結膜充血推薦人工淚液沖洗。日常應保持每日飲水量1500ml以上。
服藥期間需忌食辛辣油膩，推薦食用薏苡仁粥、百合銀耳羹等健脾食物。保持每日30分鐘八段錦或散步運動，避免熬夜。出現持續腹痛或皮疹需立即就醫，肝功能異常者每3個月復查ALT。儲存時需密封避光，開封后有效期縮短至3個月。
