非淋菌尿道炎可通過阿奇霉素、多西環素、左氧氟沙星等藥物治療，通常由沙眼衣原體、解脲支原體等病原體感染引起。
阿奇霉素作為首選藥物，通過抑制病原體蛋白質合成發揮作用。該藥物對沙眼衣原體具有高度敏感性，療程通常為單次大劑量口服或短期3日療法。克拉霉素也可作為替代選擇，需注意胃腸道不良反應。
多西環素適用于對β-內酰胺類過敏患者，需連續服用7-10天。米諾環素對支原體效果顯著，但可能引起光敏反應。服藥期間應避免與含鈣、鎂制劑同服，以免影響吸收。
左氧氟沙星對泌尿生殖道病原體覆蓋廣，療程5-7天。莫西沙星可作為二線用藥，禁用于癲癇病史者。這類藥物可能影響軟骨發育，18歲以下患者慎用。
治療前應進行尿道分泌物PCR檢測，明確沙眼衣原體或解脲支原體感染。這兩種病原體對細胞壁合成抑制劑天然耐藥，可能與尿道灼痛、晨起尿道口分泌物等癥狀有關。
頑固性感染可聯用甲硝唑覆蓋厭氧菌，或配合熱淋清顆粒等中成藥。配偶需同步治療，期間避免性生活。治療后4周應復查核酸確認病原體清除。
治療期間每日飲水2000ml以上，避免辛辣刺激食物。選擇棉質內褲并煮沸消毒，暫停游泳等公共場所活動。癥狀緩解后仍需完成全程用藥，預防復發可適當補充蔓越莓提取物。出現藥物過敏或肝功能異常需立即復診調整方案。
