間歇性斜視手術可能存在后遺癥，常見情況包括復視、矯正不足或過度、眼球運動受限、干眼癥及瘢痕形成。
術后復視多因雙眼融合功能未完全適應新眼位導致。大腦需要數周時間重新建立雙眼協同機制，期間可能出現暫時性視物重影。可通過棱鏡矯正或視覺訓練加速適應過程，嚴重者需二次手術調整眼外肌位置。
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手術矯正量計算誤差可能引發斜視殘留或過矯。與術前斜視類型相關，部分調節性內斜視患者術后易出現外斜傾向。輕度偏差可通過肉毒桿菌注射微調，超過15棱鏡度的明顯偏差需再次手術。
眼外肌縫合過緊可能限制眼球轉動范圍，尤其下直肌手術后易出現上轉受限。表現為上下樓梯困難或閱讀時視物模糊。早期進行眼球轉動訓練可改善，持續6個月未恢復需松解粘連組織。
手術牽拉結膜可能破壞杯狀細胞，導致淚液分泌減少。患者常主訴異物感、燒灼感，尤其在空調環境中加重。人工淚液聯合瞼板腺按摩可緩解，嚴重病例需使用環孢素滴眼液促進淚腺修復。
肌肉縫合處纖維化可能形成限制性瘢痕，影響手術效果穩定性。高風險人群包括多次手術者及瘢痕體質患者。術中應用可吸收縫線、術后早期眼球運動能降低發生率，已形成瘢痕需行粘連松解術。
術后三個月內需定期復查眼位及眼球運動功能，避免劇烈運動碰撞術眼。飲食注意補充維生素A和Omega-3促進角膜修復，如胡蘿卜、深海魚等。堅持每日眼球轉動操訓練，包括上下左右注視及畫八字運動。出現持續復視、眼紅疼痛或視力下降需立即返診。
