胃腸道間質瘤可通過手術切除、靶向藥物治療等方式控制或治愈，具體預后與腫瘤分期、基因突變類型等因素相關。
局限性胃腸道間質瘤通過完整手術切除可實現治愈，典型術式包括腹腔鏡局部切除術、開腹腫瘤根治術。腫瘤直徑<2cm且核分裂象少的患者五年生存率超過90%。術后需定期復查增強CT監測復發。
伊馬替尼、舒尼替尼、瑞戈非尼等酪氨酸激酶抑制劑可抑制腫瘤生長。約85%的CD117陽性患者對伊馬替尼敏感，用藥后腫瘤縮小率達50%-70%。中高危患者術后需持續用藥1-3年。
c-KIT或PDGFRA基因突變類型決定治療方案。外顯子11突變者對伊馬替尼反應最佳，外顯子9突變需增量用藥，D842V突變則對常規靶向藥耐藥。二代測序可優化藥物選擇。
肝轉移可采用射頻消融聯合靶向治療，腹膜轉移可嘗試細胞減滅術。耐藥后通過基因檢測切換二線藥物，如舒尼替尼對繼發外顯子13/14突變有效。
術后每3-6個月進行增強CT或PET-CT檢查，持續5年。監測血清CD117水平變化，發現復發跡象時及時干預。低危患者隨訪間隔可逐步延長至每年1次。
患者需保持高蛋白飲食如魚肉蛋奶促進術后恢復，避免辛辣刺激食物減少胃腸負擔。適度有氧運動增強免疫力，術后三個月內避免舉重等腹壓增高動作。定期復查配合靶向治療是預防復發的關鍵，五年無復發生存率在完整切除的低危患者中可達95%以上。
