做膠囊內鏡通常不會產生明顯痛苦。檢查過程中患者只需吞服一粒微型膠囊，無需插管或麻醉，膠囊隨消化道自然蠕動完成拍攝，全程無創且耐受性良好。
膠囊內鏡采用無線攝像技術，膠囊大小與普通藥物膠囊相近，吞咽難度較低。檢查前需空腹8-12小時，服用膠囊后2小時內禁食，4小時后可進食流質。膠囊在消化道內工作8-12小時，期間可正常活動但需避免劇烈運動，通過體外記錄儀接收圖像數據。檢查結束后膠囊隨糞便自然排出，無需回收。
極少數情況下可能出現膠囊滯留，多見于腸道狹窄或克羅恩病患者。若72小時后未排出膠囊或出現腹痛、嘔吐等癥狀，需及時就醫排查。檢查前應告知醫生消化道手術史、梗阻史等特殊情況，妊娠期女性及體內有植入式電子設備者不宜進行此項檢查。
檢查后建議多飲水促進膠囊排出，初期飲食從米湯、藕粉等流質逐步過渡到軟食。保持適度活動量有助于腸道蠕動，避免立即進行彎腰、跳躍等動作。如排便時發現膠囊未排出不必過度緊張，多數延遲排出情況可通過增加膳食纖維攝入改善。日常注意觀察腹部癥狀，養成細嚼慢咽的飲食習慣，減少消化道異物風險。
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