電子腸鏡屬于侵入性檢查但總體安全，風險包括腸道穿孔、出血、麻醉反應、感染、心血管事件等，規范操作下發生率低于1%。

腸鏡操作可能導致腸壁機械性損傷，薄弱部位如憩室處風險較高。表現為突發劇烈腹痛、腹脹或腹膜刺激征。術前需評估腸道準備情況，操作時采用注氣調節、避免暴力通過彎曲腸段。發現穿孔需立即禁食，部分病例可通過內鏡下夾閉處理，嚴重者需行腸造瘺術或腸切除吻合術。

活檢或息肉切除后可能發生滲血或噴射性出血，與病變血管豐富度相關。內鏡下可見活動性滲血或血凝塊覆蓋。采用氬離子凝固術、鈦夾止血或局部注射腎上腺素，大量出血需輸血并考慮血管介入栓塞。術前停用抗凝藥物5-7天可降低風險。

丙泊酚等靜脈麻醉可能引發呼吸抑制、低血壓或過敏反應。表現為血氧飽和度下降、心率波動或皮疹。麻醉前需評估心肺功能，術中持續監測生命體征，配備氣管插管設備。高齡或合并慢阻肺患者建議選擇清醒鎮靜。

器械消毒不徹底可能導致交叉感染，常見病原體包括乙肝病毒、幽門螺桿菌。嚴格遵循消毒規范可降低風險，免疫缺陷患者可預防性使用抗生素。術后持續發熱或腹瀉需排查感染性心內膜炎等并發癥。

腸鏡刺激迷走神經可能誘發心律失常或心肌缺血，尤其冠心病患者。表現為術中血壓驟降、ST段改變。術前控制血壓血糖，嚴重心血管疾病患者建議在心電監護下檢查，備好硝酸甘油、阿托品等急救藥物。

檢查前3天采用低渣飲食，避免火龍果等帶籽食物。術后2小時禁食禁水，恢復飲食后優先選擇米粥、蒸蛋等易消化食物。24小時內避免駕駛或高空作業，出現持續腹痛、便血需急診就醫。定期腸鏡篩查可降低結直腸癌死亡率，50歲以上人群建議每5-10年檢查一次。