小頜畸形綜合征可能由遺傳因素、胚胎發育異常、環境因素、藥物影響、染色體變異等原因引起，遺傳因素在發病中占重要地位。
1、遺傳因素：小頜畸形綜合征具有家族聚集性，常染色體顯性或隱性遺傳模式均可導致發病。父母一方患病時子女遺傳概率約50%，近親婚配會顯著增加隱性遺傳風險。基因檢測可明確特定突變位點。
2、胚胎發育異常：妊娠早期下頜骨發育受阻可能引發該病。母體營養不良、病毒感染等因素干擾胎兒第一、二鰓弓分化，導致下頜骨生長遲滯。孕期超聲監測可早期發現頜面結構異常。
3、環境致畸因素：孕期接觸放射線、有機溶劑等致畸物會干擾頜面部發育。酒精、煙草中的有害成分可直接破壞神經嵴細胞遷移，建議孕前三個月起嚴格避免接觸各類致畸源。
4、藥物影響：妊娠期服用抗癲癇藥如苯妥英鈉、維A酸類藥物可能抑制下頜骨生長。有服藥需求的孕婦應在醫生指導下調整用藥方案，必要時進行三級超聲篩查。
5、染色體異常：部分病例與22q11.2缺失綜合征等染色體病相關。這類患者多合并心臟畸形、免疫缺陷，建議進行染色體微陣列分析，孕中期可開展羊水穿刺確診。
備孕夫婦應進行遺傳咨詢，有家族史者可通過胚胎植入前遺傳學診斷技術阻斷致病基因傳遞。患者日常需關注氣道管理，選擇側臥睡姿改善通氣，定期進行多學科聯合隨訪評估頜骨發育情況。
