病毒感染與細菌感染的鑒別可通過臨床癥狀、實驗室檢查、影像學特征、病程進展、病原學檢測等方式綜合判斷。兩者在發熱模式、炎癥指標、對抗生素反應等方面存在差異。
細菌感染多表現為局部紅腫熱痛，如化膿性扁桃體炎可見白色膿點；病毒感染常伴隨全身癥狀，如流感引起的肌肉酸痛。細菌性肺炎咳嗽帶黃痰，病毒性肺炎多為干咳。部分病毒感染會出現特征性皮疹，如手足口病的水皰。
血常規中細菌感染常見白細胞和中性粒細胞升高，C反應蛋白顯著增高；病毒感染通常白細胞正常或降低，淋巴細胞比例增加。降鈣素原檢測對細菌感染特異性較高，數值超過0.5ng/ml需警惕細菌感染。EB病毒等特殊感染可通過血清學抗體檢測確診。
細菌性肺炎胸片多顯示局灶性實變，病毒性肺炎呈間質性改變伴磨玻璃影。細菌性鼻竇炎CT可見液平面，病毒性多為黏膜增厚。腹部超聲中細菌性膽囊炎顯示膽囊壁增厚伴結石，病毒性肝炎可見肝臟彌漫性腫大。
細菌感染未經治療可能持續加重，如細菌性中耳炎疼痛逐漸劇烈；病毒感染多為自限性，普通感冒7-10天自愈。細菌性尿路感染發熱反復，病毒性胃腸炎腹瀉3-5天緩解。抗生素治療48小時后細菌感染癥狀明顯改善。
細菌培養需3-5天出結果，如痰培養檢出肺炎鏈球菌可確診。病毒核酸檢測24小時內可獲報告，如咽拭子檢出甲流病毒RNA。宏基因組測序技術能同時篩查細菌、病毒、真菌等病原體，適用于重癥感染診斷。
日常需觀察體溫曲線變化，細菌感染多呈稽留熱，病毒感染常見弛張熱。保證每日2000ml飲水促進代謝，攝入富含維生素C的獼猴桃、草莓等水果。適當進行八段錦、散步等溫和運動，避免劇烈活動加重心肺負擔。出現持續高熱、意識模糊、呼吸困難等癥狀需立即就醫，避免延誤抗病毒或抗生素治療時機。居家護理期間做好體溫監測，細菌感染患者完成規定療程抗生素治療，病毒感染注意隔離防止交叉傳播。
