甲硝唑凝膠祛痘可能引起皮膚干燥、局部刺激、過敏反應、耐藥性增加、胃腸道不適等副作用。

甲硝唑凝膠具有抗菌和抗炎作用，但可能抑制皮脂分泌，導致皮膚屏障功能受損。使用后常見脫屑、緊繃感，建議搭配無刺激保濕霜，避免過度清潔。干性肌膚或秋冬季節需減少使用頻率。

凝膠中的藥物成分可能引發灼熱感或針刺樣疼痛，尤其破損痘痘處更明顯。初次使用應小面積測試，出現持續紅斑需停用。避免與含酒精、水楊酸的產品疊加使用以減輕刺激。

少數患者對硝基咪唑類藥物過敏，表現為用藥部位水腫、蕁麻疹或全身性皮疹。過敏體質者需提前告知醫生病史，出現眼周腫脹或呼吸困難等速發型反應需立即就醫抗過敏治療。

長期頻繁使用可能導致痤瘡丙酸桿菌對甲硝唑產生耐藥性，降低治療效果。建議連續使用不超過8周，可交替使用過氧化苯甲酰或克林霉素凝膠。耐藥后需進行細菌培養及藥敏試驗。

透皮吸收的藥物成分可能刺激胃腸黏膜，引發惡心、金屬味等反應。用藥期間避免空腹涂抹，出現嚴重嘔吐或腹瀉需停藥。與口服甲硝唑聯用時需監測神經系統副作用。

使用甲硝唑凝膠期間建議每日補充維生素B族，避免辛辣食物及乳制品攝入；配合溫和運動促進代謝；護理上選擇氨基酸潔面，夜間涂抹后避免紫外線照射。若出現視力模糊或肢體麻木等罕見副作用，需立即停用并急診處理。