益生菌建議在餐后半小時服用效果最佳，此時胃酸濃度降低有利于活菌存活。
人體胃酸空腹時pH值可達1.5，這種強酸環(huán)境會滅活大部分益生菌。進食后胃酸被食物稀釋，pH值升至3-5，此時攝入益生菌能顯著提高活菌到達腸道的比例。臨床研究顯示，餐后服用可使雙歧桿菌存活率提升40%以上，尤其含蛋白質(zhì)的食物能形成保護層包裹菌株。
布拉氏酵母菌等耐酸菌株可空腹服用，而脆弱擬桿菌等敏感菌種必須餐后服用。含乳桿菌的復(fù)合制劑建議搭配乳制品食用，其中的鈣離子能中和胃酸。需注意抗生素與益生菌需間隔2小時以上，避免有益菌被誤殺。
每日固定時間服用有助于維持腸道菌群穩(wěn)定，優(yōu)先選擇早餐或晚餐后。存儲時需避光防潮，活菌制劑建議選擇鋁箔獨立包裝。搭配膳食纖維豐富的燕麥、香蕉等食物可促進益生菌定植，避免與超過50℃的飲品同服。慢性腸炎患者建議連續(xù)補充8-12周，期間減少辛辣刺激飲食。注意觀察排便變化，若出現(xiàn)嚴重腹脹需調(diào)整菌種類型。
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