復方黃連素片不宜長期服用，可能引起腸道菌群失調、藥物依賴性、肝腎功能負擔加重、掩蓋真實病情、誘發耐藥性。
1、菌群失衡：
復方黃連素片含鹽酸小檗堿，廣譜抗菌作用會抑制腸道有益菌。長期使用可能導致腹脹腹瀉，建議配合益生菌食品如酸奶、泡菜調節。
2、藥物依賴：
連續服用超過兩周可能減弱腸道自主蠕動功能。突發停藥易出現便秘反彈，需逐步減量并增加膳食纖維攝入，如燕麥、火龍果。
3、肝腎負擔：
藥物代謝產物需經肝腎排出，長期積累可能影響解毒功能。慢性病患者應定期監測肝腎功能指標，避免聯合使用對乙酰氨基酚等藥物。
4、延誤診斷：
持續用該藥緩解腹瀉可能掩蓋炎癥性腸病等器質性疾病。若便血、體重下降癥狀持續，需進行腸鏡或糞便鈣衛蛋白檢測。
5、耐藥風險：
病原體易對鹽酸小檗堿產生耐藥性，降低急性感染時的治療效果。建議每年使用不超過3個療程，單次療程控制在5-7天。
日常出現輕度腹瀉可嘗試蘋果泥、焦米粥等食療方案，配合腹部順時針按摩。慢性腸易激綜合征患者需進行腸道菌群檢測，必要時采用雙歧桿菌三聯活菌等微生態制劑替代。運動方面建議每日快走30分鐘改善腸道蠕動功能，避免突然高強度訓練加重腹瀉。用藥期間忌食辛辣刺激食物，注意觀察大便性狀變化，若出現陶土樣便或柏油樣便需立即就醫。
