甲型流感的潛伏期通常為1-4天，平均2天，部分病例可能延長至7天。
潛伏期指病毒侵入人體到出現臨床癥狀的時間。甲流病毒通過呼吸道黏膜侵入后，需在細胞內復制達到一定數量才會引發免疫反應，這段時間個體雖無癥狀但已具備傳染性。
免疫狀態決定潛伏期長短。兒童因免疫系統發育不完善，潛伏期多集中在3-5天；老年人可能因免疫衰老出現7天潛伏期。接種疫苗者病毒復制速度減緩，潛伏期可縮短至24-48小時。
發病前24小時即具傳染性，癥狀出現后3-5天傳染性最強。體溫恢復正常后，排毒期可持續5-7天，免疫缺陷患者排毒時間可達數周。
孕婦因激素變化潛伏期延長1-2天。慢性病患者病毒載量增長較快，潛伏期可能縮短至1-2天，但癥狀持續時間更長。
不同甲流亞型潛伏期存在差異。H1N1型平均潛伏期較H3N2型短12小時，禽流感H5N1亞型潛伏期可達7-10天，這與病毒血凝素蛋白結構差異有關。
預防甲流需保持每日30分鐘有氧運動增強免疫力，飲食中增加富含維生素C的柑橘類水果和鋅含量高的牡蠣等海產品。護理患者時應單獨使用餐具，接觸分泌物后需用含氯消毒劑洗手。出現持續高熱或呼吸困難需立即就醫，奧司他韋等抗病毒藥物在發病48小時內使用效果最佳。
