瑪巴洛沙韋片與其它藥物合用時需注意藥物相互作用風險，常見配伍禁忌包括抗酸劑、乳制品、含多價陽離子補充劑、特定抗病毒藥及免疫抑制劑。
含鋁/鎂的抗酸劑會顯著降低瑪巴洛沙韋血藥濃度。服藥前2小時或后4小時內避免使用胃舒平、達喜等藥物。胃酸調節劑雷尼替丁需間隔12小時，質子泵抑制劑奧美拉唑建議錯開8小時服用。
鐵劑、鈣片、鋅劑等二價陽離子補充劑會與瑪巴洛沙韋形成螯合物。硫酸亞鐵、葡萄糖酸鈣等需間隔3小時服用。孕婦需特別注意復合維生素中的礦物質成分，建議晨服瑪巴洛沙韋，午晚餐后補充營養素。
與奧司他韋聯用可能增加QT間期延長風險，需監測心電圖。避免與利巴韋林同用可能加重骨髓抑制。HIV蛋白酶抑制劑如洛匹那韋會升高瑪巴洛沙韋血藥濃度，聯用時應減半劑量。
環孢素、他克莫司等免疫抑制劑與瑪巴洛沙韋聯用需監測血藥濃度。糖皮質激素地塞米松可能誘導藥物代謝酶，建議調整給藥間隔。生物制劑如托珠單抗需間隔24小時使用。
大環內酯類克拉霉素可能抑制CYP3A4酶代謝，紅霉素需劑量調整。氟喹諾酮類莫西沙星可能增強心臟毒性，避免72小時內聯用。利福平等肝藥酶誘導劑會降低瑪巴洛沙韋療效，需延長給藥間隔。
使用瑪巴洛沙韋期間建議保持清淡飲食，避免高脂餐影響吸收，每日飲水1500ml以上促進代謝。服藥后出現肌肉疼痛需暫停劇烈運動，定期監測肝腎功能。合并慢性病患者用藥前應提供完整用藥清單，包括中藥制劑和保健品，服藥時間建議用手機設定提醒避免遺漏。出現皮疹、心悸等癥狀應立即停藥就醫。
