復方玄駒膠囊需避免與抗凝藥物、降壓藥物、強心苷類藥物、激素類藥物及部分中藥合用。藥物相互作用可能導致藥效降低或不良反應增加。
復方玄駒膠囊含有活血化瘀成分，與華法林、阿司匹林、氯吡格雷等抗凝藥物合用時可能增強抗凝效果，增加出血風險。患者可能出現牙齦出血、皮下瘀斑等癥狀。用藥期間需監測凝血功能，必要時調整抗凝藥物劑量。
該中成藥可能通過擴張血管產生降壓作用，與硝苯地平、卡托普利、美托洛爾等降壓藥聯用可能導致血壓過度下降。合用期間需密切監測血壓變化，避免出現頭暈、乏力等低血壓癥狀。
復方玄駒膠囊中的某些成分可能影響電解質平衡，與地高辛、西地蘭等強心苷類藥物合用時可能增加心律失常風險。患者可能出現心悸、脈搏不齊等癥狀，需定期復查心電圖和血鉀水平。
與潑尼松、地塞米松等糖皮質激素聯用可能加重激素的副作用，導致水鈉潴留或血糖升高。長期合用需關注體重變化和血糖指標，糖尿病患者更應謹慎。
避免與人參、鹿茸等溫補類中藥同服，可能引發上火癥狀；與含有麻黃的中成藥合用可能增加心血管系統負擔。中藥配伍需遵循中醫辨證原則，建議間隔2小時以上服用。
服用復方玄駒膠囊期間建議保持清淡飲食，避免辛辣刺激食物；適度進行八段錦、太極拳等溫和運動；用藥后觀察有無皮疹、惡心等不良反應，儲存時注意避光防潮。合并慢性病患者用藥前需咨詢醫師，避免自行聯合用藥。
