兒童病毒性腦炎后遺癥可能由神經元損傷、炎癥反應持續、腦水腫未完全消退、免疫系統異常激活、繼發性腦缺氧等因素引起，可通過神經康復訓練、藥物對癥治療、高壓氧治療、心理行為干預、中醫調理等方式改善。
病毒直接侵襲中樞神經系統可能導致神經元不可逆損傷，尤其累及海馬體或基底節區時，易出現記憶力減退或運動障礙。建議早期介入經顱磁刺激聯合認知訓練，促進神經功能代償。
腦脊液中持續存在的炎性因子可能破壞血腦屏障，與癲癇發作風險升高3-5倍相關。臨床常用丙戊酸鈉、左乙拉西坦、拉莫三嗪等抗癲癇藥物控制癥狀，需配合定期腦電圖監測。
急性期未完全緩解的腦水腫可能導致腦室擴大，約15%患兒出現輕度腦積水表現。高壓氧治療可改善腦組織氧供，推薦20-30次療程，同時限制每日液體攝入量在1000-1200ml。
自身抗體交叉攻擊神經髓鞘可能引發多發性硬化樣改變，表現為肢體麻木或視力異常。靜脈注射免疫球蛋白聯合小劑量潑尼松可調節免疫應答，需警惕繼發感染風險。
急性期呼吸衰竭導致的低氧血癥可能造成皮質層狀壞死，此類患兒常遺留語言發育遲緩。中醫采用醒腦開竅針刺法配合當歸、石菖蒲等中藥，建議每周3次針灸持續6個月。
日常需保證富含磷脂酰絲氨酸的飲食如三文魚、蛋黃，配合游泳等對稱性運動促進神經重塑。建立結構化作息時間表，每3個月評估一次Gesell發育量表。若出現新發抽搐或認知倒退需立即復查顱腦MRI，排除遲發性白質病變可能。康復過程中避免過度刺激，可通過音樂療法和沙盤游戲緩解焦慮情緒。
