小兒消食顆粒不宜與抗生素類藥物、含鞣質的中藥、解熱鎮痛藥、堿性藥物、微生態制劑等合用，可能降低藥效或產生不良反應。
頭孢克肟、阿奇霉素等抗生素會破壞小兒消食顆粒中的活性成分。消食顆粒含山楂、麥芽等促消化藥材，與抗生素同服可能產生沉淀物，影響腸道菌群平衡。建議間隔2小時以上服用。
五倍子、地榆等收斂止瀉中藥含大量鞣酸，與消食顆粒中蛋白酶結合會形成不溶性復合物。這種相互作用可能導致兒童出現腹脹、便秘等消化道癥狀。
對乙酰氨基酚、布洛芬等藥物需經肝臟代謝，與消食顆粒同服可能加重肝臟負擔。消食顆粒中的神曲、萊菔子等成分會加速藥物分解，降低退熱效果。
鋁碳酸鎂、氫氧化鋁等抗酸劑會中和消食顆粒中的酸性成分。這類藥物可能改變腸道pH值，使消食顆粒中的消化酶活性下降，影響健脾開胃功效。
雙歧桿菌、乳酸菌素等活菌制劑與消食顆粒存在藥效拮抗。消食顆粒的促消化作用可能加速活菌排出體外，建議早晚間隔服用以保持菌群調節效果。
服用小兒消食顆粒期間需注意飲食清淡，避免油膩辛辣食物加重腸胃負擔。可配合腹部按摩促進消化，選擇米粥、南瓜等易消化輔食。用藥期間觀察大便性狀變化，出現嚴重腹瀉或皮疹需及時就醫。建議服藥與進食間隔30分鐘，避免牛奶、茶水影響藥物吸收。兒童具體用藥方案應遵醫囑調整，不可自行聯合其他藥物。
