根據肛瘺術后愈合過程分期換藥。由于肛瘺手術的特殊環境及創面的奇特性，傳統的清除壞死組織的方法，對對口引流的清除往往不徹底。
1、清創期(炎癥期)
為術后3～5天，傷口以炎性滲出為主。此期換藥是祛除創面和殘腔的異物和壞死組織，使傷口引流通暢，減少細菌的繁殖和分泌的刺激，防止并發感染。傳統多選用碘溶液、過氧化氫溶液、苯扎溴銨溶液等沖洗。現已證實：所有表面消毒劑，如聚烯酮碘以及過氧化氫溶液都具有細胞毒性作用。生理鹽水因其不含任何防腐添加劑，無毒，符合人體生理性，是最安全的傷口清洗液。對于膿腔大，膿液較多，尤其是壞死組織，早期選用3％雙氧水沖洗，使用雙氧水后需用生理鹽水沖洗干凈，當膿性液減少或臭味減輕，即應停止應用雙氧水，僅用生理鹽水沖洗即可。傳統選用黃連水、呋喃西林水紗塊濕敷、抗生素引流條填塞創腔或采用l：5000高錳酸鉀溶液坐浴，雖然對傷口的感染控制有一定的療效，因其引流作用小，達不到引流目的，甚至造成堵塞，且容易導致傷口耐藥株的產生和變態反應的發生;該換藥方法在消炎的同時沒有止痛，且對傷口細胞生長、傷口愈合有一定的影響，使傷口愈合緩慢，使用敷料換藥的傷口易與敷料粘連，更換敷料時再次機械損傷而增加病人疼痛感。肛瘺手術當天或第1～2天傷口有滲血時可選用藻酸鹽填充條填塞引流，可起到引流及止血的作用;膿腔無滲血，感染未控制時可選用抗菌敷料如銀離子敷料或美鹽(高滲性敷料)填塞引流，不但有良好的引流作用，同時還可控制創面感染，促進傷口的愈合。壞死組織與傷口床粘連松散時，可用刮匙搔刮創腔壞死組織;壞死組織與傷口床粘連緊密時，選擇保濕敷料自溶性清創。
2.肉芽生長期
為術后第5～20天，傷口分泌物減少，以肉芽組織增生為主。由于肉芽組織對外界理化因素的刺激抵抗能力較弱，易受損傷，故本期應著重保護肉芽組織以免影響創面的愈合。傳統換藥以油膏類藥物覆蓋創面，以保護新生肉芽，免受外界刺激。此期應盡量少用消毒劑，因其不僅有抑菌作用，同樣亦可破壞正常組織，不利于創面生長。目前在感染控制后采用現代濕性愈合敷料調理傷口環境，保持適度濕潤，利于組織生長。傷口滲出液多時選用藻酸鹽或親水性纖維等吸收性強的敷料，更換頻率根據滲液量決定，一般l～2天更換1次。待創腔變淺，滲液減少，改用水膠體糊劑如潰瘍糊填充傷口，以水膠體或泡沫敷料覆蓋，3～7天更換1次至愈合。對紅色肉芽但有水腫的傷口選擇50％的硫酸鎂濕敷或28％的高滲鹽敷料覆蓋(美鹽)，水腫明顯消退、肉芽生長良好傷口選擇水膠體糊劑。
3、上皮移行期
為術后第8～25天。傷口創腔已被肉芽組織填平。創緣上皮細胞向創面中心遷徙，最后覆蓋創面，使創口愈合。此期處理原則應減少對創面刺激，保護上皮生長，并防止肉芽過長。換藥時應少清洗或不清洗，保護好創面表層，施行間斷換藥為宜。傳統的換藥是創面用油紗敷裹，或珍珠散等，以達到減輕炎性水腫，促進傷口愈合的目的。現代的換藥方法是使用水膠體或泡沫敷料覆蓋創面，可使傷口密閉，降低感染的機會，保持傷口低氧狀態和恒定的溫度和濕度，促進肉芽組織生長和加速上皮細胞的移行，利于傷口的愈合。使用水膠體敷料或泡沫類敷料，無脫落或滲漏時可5～7天更換1次。
