通常情況下，兩只眼睛都有飛蚊癥可能是由于年齡、外傷、近視、眼內炎癥、眼內出血等因素導致的，需要根據具體原因進行相應的處理。

1.年齡：如果年齡較大，由于玻璃體內的膠狀物質逐漸變稀并收縮，可能會出現視力下降、視物模糊等飛蚊癥的情況。這是正常的情況，通常無需進行治療。

2.外傷：如果眼睛受到外傷，可能會導致眼睛部位的軟組織外傷，從而出現上述不適癥狀。建議患者在醫生的指導下進行消毒，并通過冰敷的方式改善不適。

3.近視：如果患者近視的度數較高，可能會導致視網膜越來越薄，從而出現飛蚊癥。患者可遵醫囑使用維生素A棕櫚酸酯眼用凝膠、康柏西普眼用注射液等進行治療。

4.眼內炎癥：如果患者的眼睛出現炎癥，可能會導致分泌物增多，從而遮擋眼睛的視線。建議在醫生的指導下使用阿米卡星滴眼液、妥布霉素滴眼液等藥物進行治療。

5.眼內出血：可能是外傷、高度近視等導致的眼內出血，容易出現視力模糊、出血的情況。此時可在醫生的建議下使用鹽酸嗎啉胍滴眼液、鹽酸左氧氟沙星滴眼液等藥物進行治療。

如果感到不適，應及時前往醫院就診。建議患者在醫生的指導下進行對癥治療。