診斷畸胎瘤是否為良性需通過病理檢查確認，這是唯一金標準。
超聲檢查可顯示畸胎瘤的囊實性結構，良性畸胎瘤通常邊界清晰、內含脂肪或鈣化成分。CT或磁共振能進一步評估腫瘤與周圍組織的關系，若顯示均勻的脂肪密度、牙齒或骨骼樣結構，傾向良性可能大。但影像學無法完全區分良惡性，需結合其他檢查。
血清甲胎蛋白和人絨毛膜促性腺激素水平升高可能提示惡性畸胎瘤，但部分良性畸胎瘤也可能出現輕度升高。標志物正常不能完全排除惡性，需動態監測變化趨勢。
手術切除后標本的病理學檢查是最終診斷依據。良性畸胎瘤由成熟組織構成，如皮膚、毛發、腺體；若發現未成熟神經組織或細胞異型性，則考慮惡性。術中快速病理可初步判斷性質，指導手術范圍。
發現畸胎瘤后應定期復查超聲監測大小變化，避免劇烈運動防止腫瘤扭轉破裂。飲食需均衡營養，限制高脂高糖食物以減少內分泌刺激。術后恢復期可進行散步等低強度運動，逐步增強體質。心理上需正確認識畸胎瘤多為良性，避免過度焦慮，遵醫囑完成后續隨訪。
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