百草油的使用需注意過敏測試、禁忌人群、藥物相互作用、正確使用方法、儲存條件。
首次使用前需在前臂內側涂抹少量百草油，觀察24小時是否出現紅腫瘙癢等過敏反應。過敏體質者慎用，孕婦及嬰幼兒避免接觸含樟腦、薄荷腦等刺激性成分的復方制劑。
皮膚破損處禁用，可能引發灼痛或延緩傷口愈合。癲癇患者禁用含樟腦成分產品，可能誘發抽搐。蠶豆病患者避免接觸含薄荷腦、水楊酸甲酯等成分，可能誘發溶血反應。
與抗凝藥華法林聯用可能增加出血風險，與水楊酸類藥物同用可能加重皮膚刺激。使用降壓藥期間需監測血壓，部分揮發油成分可能影響藥效。
外用需避開眼周及黏膜，每日涂抹不超過3次。蚊蟲叮咬后點涂而非大面積揉擦，扭傷后需配合冷敷而非立即涂抹。兒童使用需稀釋后涂抹于衣領等間接接觸部位。
需密封避光保存于陰涼處，開封后半年內用完。高溫環境易導致揮發油成分變質，冷凍儲存可能產生沉淀物。避免與化妝品、食品混放防止誤食。
日常使用可搭配冷敷緩解皮膚灼熱感，運動后肌肉酸痛時建議與熱敷交替使用。儲存期間定期檢查液體顏色變化，出現渾濁沉淀立即停用。飲食方面避免同時食用辛辣刺激食物，護理時注意觀察皮膚耐受性，出現持續刺痛需及時清洗并就醫。
