腸鏡活檢可能出現短暫腹脹、輕微出血等短期不適，嚴重并發癥如穿孔或感染發生率低于1%。檢查后需觀察異常癥狀，多數副作用在48小時內自行緩解。
1、腹脹不適：活檢過程中注入的氣體可能殘留于腸道，導致檢查后數小時的腹脹感。建議采取俯臥位或順時針按摩腹部促進排氣，避免立即進食產氣食物如豆類、碳酸飲料。24小時內腹脹未緩解需聯系
2、局部出血：活檢鉗取組織時可能造成黏膜微小血管損傷，表現為糞便隱血或少量鮮紅血跡。避免服用阿司匹林等抗凝藥物3天，增加維生素K含量高的食物如菠菜、西蘭花攝入。持續出血超過24小時需就醫。
3、感染風險：腸道準備不充分或器械消毒不徹底可能引發感染，表現為持續發熱或腹痛加劇。檢查后24小時可飲用含益生菌的酸奶，避免生冷食物。出現38℃以上發熱需進行血常規檢查。
4、穿孔概率：腸道薄弱部位活檢可能誘發穿孔，發生率為0.1%-0.3%。突發劇烈腹痛伴板狀腹需立即CT檢查，可能需腹腔鏡修補或開腹手術。糖尿病患者及長期服用激素者風險較高。
5、心理應激：部分患者對侵入性操作產生焦慮反應，表現為檢查后失眠或心悸。練習腹式呼吸放松訓練，必要時短期使用勞拉西泮等抗焦慮藥物。既往有幽閉恐懼癥者建議選擇無痛腸鏡。
檢查后2小時可進食米湯等流質，逐漸過渡到低渣飲食如饅頭、蒸蛋。避免劇烈運動48小時，但需保持每日步行30分鐘促進腸蠕動。出現持續腹痛、便血或發熱超過38℃應立即返院復查，術后1周內禁止游泳或盆浴。長期服用抗凝藥物者需咨詢醫生調整用藥方案，活檢部位愈合通常需要7-10天。
