甲硝唑膠囊的用藥療程需根據具體疾病類型和病情嚴重程度決定，療程從3天到10天不等。
細菌性陰道炎通常需要連續用藥7天，每日劑量遵醫囑。滴蟲性陰道炎建議伴侶雙方同時治療，療程為5-7天。牙周感染和牙齦炎一般用藥3-5天即可見效。腹腔感染和腸道阿米巴病可能需要7-10天的療程。幽門螺桿菌感染需與其他藥物聯用，療程為10-14天。
用藥期間應避免飲酒，防止出現雙硫侖樣反應。可能出現惡心、頭痛等不良反應，癥狀嚴重時應及時就醫。孕婦及哺乳期婦女慎用，肝功能異常者需調整劑量。完成規定療程后需復查，確認感染是否完全清除。日常需注意個人衛生，治療期間避免性生活，保持清淡飲食，適當補充益生菌調節腸道菌群平衡。
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