因為中藥灌腸是腸道直接給藥，所以可以避免刺激腸胃黏膜，而且作用迅速，治病效果很好；但是頻繁的進行中藥灌腸，會破壞腸道的正常菌群，損傷腸道，出現酸中毒，腸道痙攣、出血，嚴重時會導致休克、昏迷等。
目前臨床上采取中藥灌腸治病還是比較常見的，應用這種方法可以治療腎功能衰竭，潰瘍性結腸炎，腸梗阻，支氣管哮喘等，尤其是對便秘、腹瀉等疾病的治療效果很好，有些人想選擇這種治療方法，又擔心會有副作用，那么，中藥灌腸的好處和壞處具體都有哪些呢？
一、中藥灌腸的好處
1.避免刺激胃黏膜：因為采取中藥灌腸治療的時候，是把藥物通過灌腸的方法直接滴入到腸道中，是腸道直接給藥，不需要經過胃部的消化吸收，所以不會對胃黏膜造成不良刺激，腸胃功能差的人采取這種給藥方式比較好。
2.作用迅速：因為灌腸可以讓藥物直接達到腸道，被腸道吸收，所以和口服藥物相比較，中藥灌腸的方法會讓腸道對藥物的吸收更為迅速一些。
3.治病效果好：目前許多病人采取中藥灌腸主要是為了緩解便秘癥狀，因為灌腸是會刺激腸道蠕動，并且還可以讓糞便軟化，這樣就能起到通便排氣的作用，效果非常明顯。
二、中藥灌腸的壞處
1.破壞腸道正常菌群：用中藥灌腸時，會殺死腸道中的有害病菌，同時也會殺死一些有益的菌群，這樣就會導致腸道內的菌群失衡，所以頻繁的用中藥灌腸有可能會導致腹瀉或者短暫的消化不良等癥狀出現。
2.損傷腸道：如果反復進行中藥灌腸，會導致直腸黏膜、酸堿度等發生改變，對腸道造成一定的損傷。如果灌腸時操作不規范，還可能會對腸道造成一些機械性的損傷。
3.導致酸中毒：長期灌腸有可能會引起脫水，電解質紊亂等問題，嚴重時會導致酸中毒，所以不可以頻繁進行中藥灌腸。
4.出現腸道痙攣、出血：在進行灌腸的時候，有可能會出現腸道壓力太大的問題，此時就可能導致腸道痙攣或者腸道出血，患者會有臉色蒼白，心跳加快，出冷汗，腹痛等癥狀，嚴重時還可能會導致休克、昏迷等。
