胃腸功能紊亂可以使用顛茄片、多潘立酮、乳果糖、蒙脫石散、乳酶生等藥物治療，腸胃功能紊亂在治療上以藥物治療為主，但是在選擇藥物時需要根據不同的癥狀選擇不同的藥物，部分患者在發作時以腸胃部位劇烈疼痛為主要癥狀，需要使用解痙、止痛的藥物，比如阿托品、顛茄片可以解除平滑肌痙攣以緩解疼痛。出現消化不良癥狀可以使用促進腸胃動力的藥物進行改善，比如多潘立酮可以協調胃腸的運動，減少食物在胃內存留的時間。部分患者在病情發作時會出現便秘可以使用導瀉類藥物治療，比如乳果糖不僅能保留結腸的水分，還可以調節腸胃的生物節奏，因此能夠緩解習慣性便秘和頑固性便秘。出現腹瀉的患者可以使用蒙脫石散進行止瀉治療，蒙脫石散不僅止瀉效果好，同時不會進入到血液循環中，對人體的副作用少，出現食物消化不良的患者可以在平時適當補充乳酶生以促進胃內食物的消化。
