益生菌制劑可直接口服或沖服，具體方式需根據劑型選擇。常見服用方式包括咀嚼片含服、膠囊吞服、粉劑沖調，活菌存活率與胃腸耐受性是關鍵考量因素。
1、咀嚼片劑：部分益生菌產品設計為咀嚼片形式，通過口腔黏膜吸收部分成分。這類制劑添加了矯味劑改善口感，咀嚼過程促進唾液分泌幫助吞咽，但需注意避免3歲以下兒童使用以防嗆咳。
2、膠囊制劑：腸溶膠囊可直接溫水送服，外殼保護菌群通過胃酸環境。建議餐后30分鐘服用，此時胃酸濃度較低，可提高約40%的活菌到達率。膠囊打開服用會降低保護效果。
3、粉劑沖調：多數粉劑需37℃以下溫水沖服，高溫會滅活菌株。特殊配方如孢子型益生菌耐熱性較強，但沖調后需立即飲用，常溫放置超過2小時活菌數可能下降50%。
4、活菌保護：直接吞服時搭配牛奶或果汁可緩沖胃酸。研究顯示與含鈣食物同服能使菌株存活率提升25%，避免與碳酸飲料、酒精等破壞菌群活性的物質同服。
5、特殊人群：吞咽困難者可選粉劑拌入流食，嬰幼兒建議選擇滴劑型。消化道術后患者需選用耐酸菌株，并遵醫囑采用鼻飼管給藥方式。
選擇益生菌制劑時應查看標注的活菌數及保存條件，不同菌株對服用方式有特定要求。日常可搭配膳食纖維促進益生菌定植，維持規律服用周期有助于腸道菌群平衡。出現腹脹等不適時應調整服用方式或更換菌株類型。
