睡覺起來頭暈、眼睛疼可能是睡眠不足、營養不良、低血糖、低血壓、貧血等因素引起的，可以在醫生的指導下通過日常調理、藥物治療的方式治療。具體分析如下：

1.睡眠不足：長期睡眠不足或不規律的睡眠可能導致睡眠質量下降，從而導致起床時有頭暈、眼睛疼、乏力等癥狀。建議及時調整自身作息，做到早睡早起，有助于緩解身體不適。

2.營養不良：如果存在挑食、偏食等行為，容易導致身體缺乏營養物質，如維生素B12、葉酸、鐵等，從而使身體能量供應不足，進而引起頭暈、乏力、局部疼痛等癥狀。此時需及時調整飲食結構，做到營養均衡。

3.低血糖：該疾病與代謝異常、飲食不當等因素有關，容易使體內血糖水平下降，引發低血糖，從而出現頭暈、虛弱、眼花、眼睛疼等癥狀。患者可以遵醫囑使用葡萄糖氯化鈉注射液、氫化可的松片等藥物進行治療。

4.低血壓：低血壓是指血液循環中的血壓過低，通常與遺傳、免疫異常等因素有關，也可能出現上述情況。患者可以遵醫囑使用鹽酸米多君片、生脈飲等藥物進行治療。

5.貧血：貧血一般與血紅蛋白水平下降有關，會導致氧氣供應不足，引起腦部和眼睛的不適，如乏力、頭暈、惡心等。患者需遵醫囑使用硫酸亞鐵緩釋片、富馬酸亞鐵片等藥物緩解不適。

建議及時前往醫院進行檢查，明確病因后進行針對性治療。