清肝利膽口服液需避免與特定藥物聯用，可能產生相互作用的情況包括解熱鎮痛藥、降糖藥、抗凝藥、免疫抑制劑、中樞神經系統藥物等。
清肝利膽口服液中的柴胡、茵陳等成分可能增強對乙酰氨基酚、布洛芬等藥物的肝毒性風險。長期聯用可能加重肝臟代謝負擔，出現轉氨酶升高或藥物性肝損傷。服藥期間需監測肝功能指標，間隔4小時以上服用可降低風險。
該中成藥可能增強格列本脲、二甲雙胍等降糖藥效果，聯用易引發低血糖反應。黃芩苷等成分會影響肝臟糖原分解過程，糖尿病患者需密切監測血糖變化，必要時調整降糖藥劑量。
與華法林、阿司匹林聯用可能延長凝血時間。茵陳蒿中的6，7-二甲氧基香豆素具有抗血小板聚集作用，合用會增加出血傾向。手術前兩周需停用，日常需定期檢查凝血酶原時間。
環孢素、他克莫司等藥物與清肝利膽口服液同服可能影響血藥濃度。梔子中的環烯醚萜類成分會干擾細胞色素P450酶代謝，導致免疫抑制劑濃度波動，器官移植患者需嚴格避免合用。
與地西泮、帕羅西汀等聯用可能增強鎮靜作用。方劑中的黃芩素可通過血腦屏障，與GABA受體產生協同效應，老年人合用易出現嗜睡、眩暈等不良反應，建議間隔6小時服用。
使用清肝利膽口服液期間應保持低脂飲食，減少動物內臟、油炸食品攝入，適量增加荸薺、冬瓜等利膽食材。避免劇烈運動導致體液流失影響藥物濃度，服藥后適當進行散步、八段錦等溫和活動。肝功能異常者需每兩周復查ALT、AST指標，出現皮膚黃染或陶土樣便立即停藥就醫。慢性病患者聯合用藥前必須經中醫師和專科醫師雙重評估，確保用藥方案安全有效。
