頭孢克肟膠囊需避免與氨基糖苷類抗生素、強效利尿劑、抗凝藥物、活菌制劑及含酒精藥物合用。藥物相互作用可能降低療效或增加不良反應風險。
頭孢克肟與慶大霉素、阿米卡星等氨基糖苷類抗生素聯用可能加重腎毒性。兩類藥物均通過腎臟代謝，合并使用會導致腎小管損傷風險上升，臨床需監測血肌酐和尿量變化。
呋塞米、布美他尼等袢利尿劑與頭孢克肟聯用可能引發電解質紊亂。利尿劑導致的低血容量狀態會升高頭孢類藥物在腎臟的濃度，增加結晶尿發生率，用藥期間應保持充足飲水。
華法林、利伐沙班等抗凝劑與頭孢克肟存在協同作用。頭孢類抗生素可能抑制腸道維生素K合成，增強抗凝效果，聯用期間需密切監測凝血酶原時間國際標準化比值。
雙歧桿菌三聯活菌、酪酸梭菌等微生態制劑與頭孢克肟間隔2小時服用。抗生素會滅活益生菌，降低調節腸道菌群的效果，建議在頭孢克肟療程結束后補充益生菌。
藿香正氣水、十滴水等含乙醇制劑與頭孢克肟合用可能引發雙硫侖反應。頭孢類藥物抑制乙醛脫氫酶，導致乙醛蓄積，出現面部潮紅、心悸等癥狀，用藥期間及停藥后7天內需禁酒。
使用頭孢克肟期間建議保持每日2000ml飲水量，避免高嘌呤飲食以防尿酸結晶。服藥后出現皮疹或呼吸困難需立即就醫，慢性病患者聯合用藥前應咨詢醫師。適當補充維生素B族有助于減輕抗生素相關腹瀉，療程結束后可食用酸奶等發酵食品恢復腸道菌群平衡。
