大腸桿菌感染能否自愈取決于感染類型和嚴重程度。多數輕癥感染可自行緩解，但部分嚴重感染需醫療干預。
由產毒性大腸桿菌引起的輕度胃腸炎通常表現為腹瀉、腹痛，病程持續3-5天。這類感染可通過充分補液、調整飲食實現自愈。建議選擇低渣飲食如米粥、饅頭，避免乳制品和高纖維食物。每日飲水量應達到2000毫升以上，可少量多次補充口服補液鹽。
腸出血性大腸桿菌如O157：H7型感染可能引發溶血性尿毒綜合征，表現為血便、少尿、皮膚瘀斑。這類感染需立即就醫，治療包括靜脈補液、血漿置換。部分患者需進行血液透析，重癥死亡率可達5%。泌尿系統大腸桿菌感染若出現發熱、腰痛癥狀，提示可能發展為腎盂腎炎，需使用抗生素治療14天。
預防大腸桿菌感染需注意食品衛生，肉類應徹底加熱至75℃以上，生熟食分開處理。接觸動物后需用肥皂洗手20秒以上，嬰幼兒避免飲用未經巴氏消毒的果汁。出現持續48小時以上的腹瀉、血便或尿量減少時，應立即前往感染科就診。恢復期可適量補充益生菌調節腸道菌群，如雙歧桿菌、乳酸菌等制劑。
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