藥價虛高的原因是在藥品剛出廠時，就有人妄定高價，有的甚至是成本的十幾倍。然后再利用虛高的部分進行廣告宣傳、經營銷售、給醫生“回扣”，這是源頭。從藥品定價直至醫生開藥方，藥廠、批發商、醫藥代理、醫院、醫生等都可以用種種名義在藥價上層層加碼，最后都轉嫁到患者頭上。
醫院“以藥補醫”的政策，是一柄“雙刃劍”。很長時間以來，我國都允許醫院通過銷售藥品獲得差價收入來補償運行成本，這種醫藥結合、利益掛鉤的體制，一方面在促進醫院發展、滿足群眾基本醫療需求方面發揮了積極作用;另一方面卻又導致了客觀的驅動，使醫生樂意開大處方、醫院歡喜賣高價藥。在政府投入不足的情況下，醫院為了生存與競爭，不得不通過銷售高價藥、拿高回扣獲取利潤籌集資金，使醫院成了高價藥品的壟斷經營場所。
據了解，目前我國藥品生產企業有5000多家，大多數企業規模小、生產條件差，產品研發能力薄弱，企業基本靠生產仿制藥品維持，產品科技含量低，普藥生產嚴重供過于求，市場競爭激烈。而流通環節批發企業卻多達12000多家，還同樣存在規模小、經營費用高、經營品種趨同、市場競爭激烈等問題。藥品生產經營的低水平和重復建設，迫使生產經營企在藥品市場的競爭演變成了價格折扣和回扣的競爭，這是藥價虛高的市場性原因。
政府監管手段的不適應，是藥價虛高的政策性原因。我國藥品價格管理經歷了從全部管制到基本放開，再到逐步加強管制的過程。許多藥品在放開過程中價格大幅度上漲，價格虛高及各環節利益分配格局已經形成，醫院對藥品差價收入的依賴程度也越來越高。而核定藥品價格的工作量十分繁重，中央與地方負責藥品價格監管的力量卻很薄弱，在一定程度上也影響了價格監管。
此外，還有一個重要的原因不容忽視：新產品鑒定機制不規范，導致藥品頻繁改變包裝和劑量，冒充新產品提高價格。目前，我國長期使用質量穩定的傳統藥品，價格是低廉和穩定的。被列入基本醫療保險藥品目錄，必須進入招標，例如青霉素等。但是由于這些價格低廉的產品利潤空間小，生產商不愿生產，經銷商不熱衷于推銷。由于我國專家鑒定體系不完善，缺乏科學規范、嚴格統一的操作機制和管理機制，使生產廠家很容易通過改變包裝、名稱搖身一變成為原來傳統藥品的衍生品或替代品，作為新藥的價格可以提高幾十倍乃至上百倍，還的還通過減少劑量來變相漲價。這就是幾百元上千元看不好感冒的重要原因。
