新生兒牛乳蛋白過敏的治療是通過回避牛奶蛋白，改為配方奶喂養，若合并有過敏癥狀時，可予以抗過敏治療如西替利嗪、潑尼松片，若合并有腹瀉，可予以益生菌、蒙脫石散治療，治療周期一般為3~18個月。

一、病因治療

回避牛奶蛋白，改為配方奶喂養，根據患兒過敏癥狀、營養需要、安全性、口味接受度、遠期效應以及經濟因素選擇合適的配方奶喂養，遵醫囑可供選擇適度水解配方奶、深度水解配方奶、游離氨基酸配方奶，母乳喂養明確乳母進食牛奶后過敏者，繼續母乳喂養，建議乳母嚴格回避牛奶及奶制品，同時母親應每日補充維生素D及鈣劑，應在3~6個月內進行重新評估，以確定是否可以調整配方奶及奶制品種類，盡早改用適度水解配方奶。

二、藥物治療

1、抗過敏藥物治療：可選用白三烯受體拮抗劑如孟魯司特鈉咀嚼片，抗組胺藥如西替利嗪，糖皮質激素如潑尼松片、地塞米松等，腎上腺素可用于急性過敏性休克搶救。

2、對癥藥物治療：若合并皮炎，可予以抗組胺藥，外用爐甘石洗劑，腹瀉便血時可予以益生菌調節腸道菌群，蒙脫石散保護腸黏膜，硫酸鋅促進黏膜修復等。

三、手術治療

本病一般無需手術治療。