扁平疣通常不會發生癌變，但需警惕持續感染高危型HPV引發的皮膚病變。免疫抑制狀態、長期紫外線暴露、局部反復摩擦、病毒亞型差異、皮損異常變化等因素可能影響惡變風險。
扁平疣多由HPV-3、10等低危型病毒引起，致癌風險顯著低于HPV-16、18等高危型。臨床觀察顯示，90%以上扁平疣患者未出現癌變，但合并高危型HPV感染時需加強監測。
艾滋病患者、器官移植后服用免疫抑制劑人群，其扁平疣癌變概率較常人升高10-20倍。免疫功能低下導致病毒清除能力減弱，可能誘發鮑溫樣丘疹病等癌前病變。
長期暴曬部位如面部、手背的扁平疣，在紫外線累積損傷下可能發生異常增生。反復抓撓或摩擦皮損區域，可能加速表皮細胞基因突變進程。
短期內疣體突然增大、顏色加深呈黑褐色、表面潰爛出血，可能提示惡變傾向。伴隨瘙癢疼痛、邊界模糊、衛星病灶出現時，需立即進行皮膚鏡和病理活檢。
病程超過5年未愈的扁平疣，其基底細胞層持續存在HPV感染，可能增加局部癌變風險。研究顯示病程10年以上患者中，約0.3%可能發展為鱗狀細胞癌。
日常需避免搔抓疣體，外出時涂抹SPF30以上防曬霜。增加富含維生素A的胡蘿卜、動物肝臟攝入，配合快走、游泳等有氧運動增強免疫力。皮損突然增大或顏色改變時，應及時至皮膚科進行液氮冷凍或光動力治療，必要時行手術切除送檢。
