小兒隱匿陰莖可通過泌尿外科或小兒外科就診治療，通常由先天性發育異常、肥胖、局部瘢痕粘連、激素水平異常、陰莖皮膚附著異常等原因引起。
泌尿外科是處理小兒隱匿陰莖的首選科室，醫生會評估陰莖發育情況，排除尿道下裂等合并畸形。檢查項目包括陰莖牽拉長度測量、超聲評估海綿體結構，必要時進行染色體或激素檢測。
部分醫療機構由小兒外科接診此類病例，尤其合并腹股溝疝或睪丸未降時。醫生會檢查陰莖皮膚包裹程度、陰囊發育狀態，判斷是否需要聯合手術矯正。
3歲以下輕度隱匿陰莖可暫觀察，定期測量陰莖長度。建議記錄每年生長速度，若年增長不足0.4厘米或伴隨排尿困難，需及時干預。
對于激素水平異常導致的病例，可能短期使用睪酮凝膠、絨毛膜促性腺激素或十一酸睪酮促進發育。治療期間需監測骨齡，避免過早骨骺閉合。
嚴重病例需行陰莖松解術或包皮成形術，手術時機多選在3-6歲。術后需保持傷口清潔，使用硅酮凝膠預防瘢痕，定期隨訪至青春期結束。
日常需避免過度清潔刺激，選擇寬松棉質內褲減少摩擦。飲食注意控制體重，避免高糖高脂食物加重肥胖風險。可進行游泳等溫和運動促進血液循環，術后6周內避免劇烈跑跳。觀察排尿是否呈線狀、有無尿潴留，夜間睡眠時注意陰莖是否完全外露。
