扁平疣可以通過皮膚科醫生的臨床檢查確診，典型表現為膚色或淺褐色扁平丘疹，表面光滑且多呈線狀排列。必要時醫生會結合皮膚鏡或病理活檢輔助診斷。
扁平疣多由HPV-3、10型感染引起，好發于面部和手背。皮損特點為直徑1-5毫米的圓形或多角形扁平丘疹，質地較硬，呈正常膚色或淡褐色，表面有蠟樣光澤。特征性的"同形反應"表現為搔抓后沿抓痕出現串珠狀排列的新疹，此現象對診斷有重要提示意義。
需與汗管瘤、粟丘疹、扁平苔蘚等疾病區分。汗管瘤多見于眼周，呈半球形透明小丘疹；粟丘疹為白色堅硬小囊腫；扁平苔蘚則伴有網狀白色條紋。皮膚鏡檢查可見扁平疣特有的紅色背景伴中央褐色點狀血管，周邊有白色網狀結構。
對于不典型病例可采用5%醋酸試驗，疣體部位會呈現發白反應。組織病理學檢查可見顆粒層和棘層上部空泡細胞，角質層呈網籃狀改變。HPV-DNA檢測能明確病毒分型，但常規診斷中較少采用
日常需避免搔抓防止自體接種擴散，保持患處清潔干燥。治療期間建議加強免疫力，保證充足睡眠并適量補充維生素A、C。皮損消退后仍需定期復查，觀察是否有復發跡象。
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