復方玄駒膠囊除溫腎陽的功效外，還有祛風濕的功效，而金匱腎氣丸兼有化氣行水（促進氣體運行，從而推動水液運行）的功效，不能說吃哪一個更好，應在醫師指導下辨證后用藥。

1.復方玄駒膠囊是由黑螞蟻、枸杞子、淫羊藿、蛇床子多種中藥組成，具有較好的溫腎壯陽（溫補腎中陽氣）、祛風濕的功效。

可用于治療腎陽不足（腎臟的陽氣缺乏）所致的腰膝酸軟（腰部和膝部酸軟無力的感覺）、神疲乏力（精神疲憊，身體乏力）、精冷滑泄等病癥，還可用于治療風濕痹阻引起的關節疼痛、腫脹等病癥。可出現胃脹、惡心等不良反應，禁忌證不明確。

2.金匱腎氣丸是由山藥、山茱萸、熟地黃、茯苓、丹皮、澤瀉、牛膝、桂枝、附子、車前子組成，具有溫補腎陽（溫煦補充腎臟陽氣）、化氣行水的功效。

可用于治療腎陽虛引起的水腫、小便不利（小便不順暢）、腰膝酸軟、畏寒肢冷（怕冷，四肢冰涼）等病癥。不良反應尚不明確，孕婦禁用。

復方玄駒膠囊不僅能溫腎陽，還可以祛風濕；而金匱腎氣丸可以溫腎陽，兼有化氣行水的功效。二者功效有一定的區別性，可依據其適應證用藥，不能說哪一個更好。

以上藥物均需在專業中醫醫師的辨證指導下正確用藥。