芍藥的根仍稱為“芍藥“，是著名的中藥材。早在一千多年前的醫藥著作《本經》里，已有芍藥的名稱記載。南北朝杰出的醫學家陶弘景開始把它分為白芍、赤芍兩種。它們不同之處在于:赤芍為野生品，入藥以原藥生用，其功用長于涼血逐瘀;白芍為栽培品，經刮皮、水煮、切片、曬干而成，功效長于補血養陰。其中尤以浙江出產的芍藥，品質最佳，稱為“杭白芍“。古方以白芍為主要藥物的數以百計，如“桂枝湯“用芍藥和肌表之榮衛;“黃芩湯“用芍藥和腹中之榮氣;“炙芍藥花甘草湯“用芍藥補血脈之陰液。在婦產科臨床上，芍藥更是得到廣泛應用。

芍藥根的主要化學成分是芍藥甙，此外還含有牡丹酚、安息香酸、揮發油、樹脂、鞣質、糖類、淀粉、三萜類成分等。芍藥甙對中樞神經有抑制作用，并有較好的解痙、鎮痛、鎮靜、解熱、抗驚厥、抗炎、抗潰瘍、擴張冠狀動脈及后肢血管、降血壓等藥理作用。芍藥根藥用有白芍、赤芍之分。一般認為，芍藥野生品的根直接干燥就是赤芍，而栽培品的根去皮水煮后即為白芍。赤芍為清熱涼血藥，味苦、性微寒，歸肝經。具有清熱涼血，散瘀止痛的功效，主治熱入營血，斑疹吐衄，跌打損傷，經閉癥瘕，癰腫瘡毒，目赤翳障等。白芍具有養血斂陰、柔肝止痛之功能，主治肝血虧虛，月經不調，肝脾不和，胸脅脘腹疼痛，四肢攣急，肝陽上亢，頭痛眩暈等癥。在臨床上要根據病情需求有目的地進行選擇使用。

芍藥根含有芍藥甙和安息香酸，用途因種而異，它是鎮痙、鎮痛、通經藥。對婦女的腹痛、胃痙攣、眩暈、痛風、利尿等病癥有效。

中藥的赤勺為草芍藥的根，有散淤、活血、止痛、瀉肝火之效，主治月經不調、痰滯腹痛、關節腫痛、胸痛、肋痛等癥。